Nagrinėjant viešųjų pirkimų ginčus teismai ne visuomet taiko laikinąsias apsaugos priemones, dėl ko dar ginčo nagrinėjimo metu perkančioji organizacija gali būti sudariusi pirkimo sutartį su vienu iš tiekėjų.
Net jeigu ieškovas (vienas iš pirkimo dalyvių, ginčijantis perkančiosios organizacijos veiksmus) nepatikslino reiškiamų prašymų teismui ir neiškėlė reikalavimo pripažinti pirkimo sutartį niekine, tokia sutartis, nustačius pirkimo procedūrų pažeidimus, gali būti pripažinta niekine ir teismo iniciatyva (ex officio).
Tokia pozicija yra motyvuojama tuo, kad viešojo pirkimo procedūrų pažeidimai paprastai pažeidžia ne tik privačius, bet ir viešuosius interesus. Teismams nustačius tokio pobūdžio perkančiosios organizacijos veiksmų neteisėtumą, jau sudaryta viešojo pirkimo sutartis turėtų būti pripažinta niekine (Civilinio kodekso 1.80 straipsnis).
Jeigu teismas nusprendžia panaikinti perkančiosios organizacijos sprendimą dėl imperatyviųjų teisės normų pažeidimo, perkančiosios organizacijos neteisėto (panaikinto) sprendimo pagrindu sudarytos viešojo pirkimo sutarties galiojimas negali būti pateisinamas. Tokia pozicija grindžiama ne tik viešojo intereso apsauga, bet ir teisinės valstybės principo turinio sudėtine dalimi – principu ex injuria jus non oritur (iš neteisės teisė nekyla).
Lietuvos Aukščiausiojo Teismo praktikoje laikoma, kad teismas, ginčo nagrinėjimo metu nustatęs, kad sudaryta pirkimo sutartis prieštarauja imperatyviosioms teisės normoms, turi ex officio pripažinti sandorį niekiniu ir negaliojančiu ir taikyti atitinkamus teisinius padarinius, neatsižvelgdamas į bylos dalyvių reikalavimus (Civilinio kodekso 1.78 straipsnio 5 dalis). Taigi teismas pripažįsta sandorį niekiniu tiek bylos dalyviams pareiškus tokį reikalavimą, tiek jo nepareiškus, ir kiekvienu atveju sprendžia dėl niekinio sandorio teisinių padarinių, nes tik išsprendus dėl negaliojančio sandorio teisinių padarinių užbaigiamas ginčo sprendimas ir atkuriama teisinė taika (Lietuvos Aukščiausiojo Teismo 2009 m. vasario 2 d. nutartis civilinėje byloje Nr. 3K-3-25/2009).
Tačiau sudarytos pirkimo sutartys ne visais atvejais gali būti pripažintos niekinėmis ex officio. Niekinio sandorio teisiniai padariniai yra taikomi tik tada, kai, nagrinėjant bylą, pagrindas pripažinti sandorį niekiniu tampa akivaizdus. Tuo atveju, kai sandoris ar aktas nėra akivaizdžiai niekinis, teismas pripažinti pirkimo sutartį negaliojančia gali tik esant iškeltam atitinkamam ieškovo reikalavimui. pripažinti tokį sandorį ar aktą negaliojančiu, pareikštam ieškinio ar priešieškinio forma.
Tiek kasacinio teismo, tiek Lietuvos apeliacinio teismo praktikoje yra laikoma, kad jeigu teismas, nesant šalies ieškinio reikalavimo pripažinti sandorį ar aktą negaliojančiu, imtųsi savo iniciatyva nagrinėti ir spręsti sandorio ar akto, kuris nėra akivaizdžiai niekinis, negaliojimo klausimą, tirti su tuo susijusius įrodymus, būtų pažeidžiami civilinio proceso dispozityvumo ir rungimosi principai (Lietuvos apeliacinio teismo 2012-10-26 nutartis civilinėje byloje Nr. 2A-2166/2012).
Siekiant išvengti galimų klaidų procese rekomenduotina gavus informaciją apie sudarytą pirkimo sutartį atitinkamai patikslinti ieškinį iškeliant reikalavimą dėl sudarytos sutarties pripažinimo niekine.